黃囇莉教授長期投入性別平等教育工作，特別是2005年性別平等教育法實施以來，更是積極協助各級學校推動性別平等教育之宣導、調查校園性別平等事件、培訓校園性侵害或性騷擾調查人員、性別平等案例研討；另外，也協助教育部有關生命教育與正向管教等業務。
教育部因而就「98年度友善校園獎」中特頒「傑出行政人員及特殊貢獻人員」予黃教授，以茲表揚。